通常使用すると、スタート地点から経由地点までA,Bなどアルファベットの規定のマーカーになるのを差し替える

サンプルコード

https://groups.googlh.com/group/google-maps-api-japan/browse_thread/thread/6fa0935180024b5a?hl=ja&pli=1>
GDirections の addoverlay イベントのハンドラーを設け、 GDirections の
getMarker() メソッドで経路のマーカーが得られるので、その GMarker の hide() メソッドを呼びます。こんなイメージでしょうか：
<<
var directions = new GDirections(gmap2);
var waypoints = [
new GLatLng(35,135),
new GLatLng(35,135.123)
];

GEvent.addListener(directions, 'addoverlay', function (){

for( var i = 0, l = waypoints.length; i < l; ++i ){
directions.getMarker(i).hide();

// ここを追記。
map.addOverlay(markers[i]);

}
});

考え方

予めwaypointsと対応するマーカーを作成しておき、markersに突っ込んでおく
アイコンを設置し終わった時に発生するaddoverlayイベントをトラップ
配置されているアイコンをすべて非表示にする
非表示にしたポイントに対応するマーカーを再度設置する